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新测序技术提供基因表达的高精度数据
2022-09-01 16:17:48

金城娱乐app官方大全,金城娱乐app官方下载科技日报北京6月27日电(实习记者张嘉欣)近日,日本东京理科大学的一个研究小组研发出一种全新改进的单细胞RNA测序(scRNA-seq)技术。这种新方法,即终止子辅助的固体互补 DNA (cDNA) 扩增和测序 (TAS-Seq),使用简单的材料和设备,提供比目前广泛使用的技术更精确的单细胞 RNA 测序数据。研究人员说,这项新技术结合了基因检测的灵敏度、反应效率的稳健性和细胞组成的准确性等特性,使研究人员能够捕获重要的细胞信息。该研究27日发表在《通讯生物学》杂志上。

金城娱乐app官方大全,金城娱乐app官方下载单细胞 RNA 测序的出现彻底改变了医学和生物学领域,提供了一次研究数千个细胞内部运作的能力。然而,单细胞 RNA 测序方法在确定细胞成分时存在潜在的不准确性和低效的 cDNA 扩增。

金城娱乐app官方大全,金城娱乐app官方下载新的 TAS-Seq 技术使用称为末端转移酶 (TdT) 的不依赖模板的酶进行 cDNA 扩增。但是 TdT 很难处理。为了克服这一挑战,研究团队利用双脱氧核苷酸磷酸(ddNTPs)作为cDNA扩增反应的“终止剂”,大大降低了TdT反应的技术难度。

金城娱乐app官方大全,金城娱乐app官方下载TAS-Seq 还使用基于纳米孔的单细胞 RNA 测序平台,可以分离组织样本中的单个细胞,从而减少细胞采样偏差并提高细胞成分数据的准确性。

研究小组随后验证了 TAS-Seq 的效率,并将其与目前广泛使用的单细胞 RNA 测序技术 10X Chromium V2 和 Smart-seq2 进行比较,使用小鼠和人类肺组织样本。他们发现,TAS-Seq 不仅检测到更多的整体基因,而且比主要的 scRNA-seq 平台识别出更多高度可变的基因。

领导该研究的助理教授 Makoto Nanano 表示:“我们发现 TAS-Seq 在基因检测灵敏度和基因丢失率方面可能优于 10X Chromium V2 和 Smart-Seq2,这表明 TAS-Seq 可能是最“高通敏感的量化scRNA的方法之一。我们可以更均匀地检测各种表达水平的基因,我们可以更稳健地检测生长因子和白细胞介素基因。”

新方法的另一个优点是 TAS-Seq 不太容易受到批次效应的影响。 TAS-Seq 数据也与组织样本的流式细胞仪数据高度相关,这表明它可以生成关于细胞组成的高度准确的数据。

谈及未来,助理教授 Makoto Nanano 透露:“我们已经完成了 TAS-Seq2 的开发,这是 TAS-Seq 的改进和广泛优化的版本。在小鼠脾细胞中,Tas-seq2 基因检测的灵敏度是 1.5 到 2 倍更高。”

单细胞 RNA 测序是医学和生物学研究的重要工具。 TAS-Seq 和 TAS-Seq2 的发展将导致新的疾病治疗靶点的发现和“空间转录”领域的进步,这也依赖于固相 cDNA 合成。它还将加速单细胞组学技术的发展,从而促进对生物学和疾病发展原理的理解。

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